Форум пользователей MySQL

Скачиваете что-нибудь типа EasyRecovery и восстанавливаете удаленные файлы.
При этом нужно помнить, что продолжая работать на этом компе вы можете перезаписать удаленную информацию. Следовательно выключаем комп, на другом компе ставим EasyRecovery, жесткий подключаем ко второму компу и на нем восстанавливаем удаленную инфу.

P.S. На будущее не забываем делать актуальный дамп, чтобы избегать подобных танцев с бубном.

В 5.1 есть такая штука, но сам не пользовался.
Можно по крону запускать скрипт, который делает бэкап.
Или просто при необходимости (устарела инфа или собираетесь производить действия, которые могут испортить данные) делаете вручную с помощью утилиты mysqldump