Добрый день, в двух словах имеется сервер:
Intel(R) Xeon(R) CPU E5-1650 0 @ 3.20GHz 
centos 6.4 3.2.13-grsec-xxxx-grs-ipv6-64
64G MEM + ssd 300G
MySql Server version: 5.5.30-30.1-log Percona Server (GPL), Release rel30.1, Revision 465
конфиг мускула
[mysql]
# CLIENT #
port                           = 3306
socket                         = /var/lib/mysql/mysql.sock
[mysqld]
# GENERAL #
user                           = mysql
default_storage_engine         = InnoDB
socket                         = /var/lib/mysql/mysql.sock
pid_file                       = /var/lib/mysql/mysql.pid
# MyISAM #
key_buffer_size                = 32M
myisam_recover                 = FORCE,BACKUP
# SAFETY #
max_allowed_packet             = 16M
max_connect_errors             = 1000000
skip_name_resolve
sql_mode                       = STRICT_TRANS_TABLES,ERROR_FOR_DIVISION_BY_ZERO,NO_AUTO_CREATE_USER,NO_AUTO_VALUE_ON_ZERO,NO_ENGINE_SUBSTITUTION,NO_ZERO_DATE,NO_ZERO_IN_DATE,ONLY_FULL_GROUP_BY
sysdate_is_now                 = 1
innodb                         = FORCE
innodb_strict_mode             = 1
# DATA STORAGE #
datadir                        = /var/lib/mysql/
# BINARY LOGGING #
log_bin                        = /var/lib/mysql/mysql-bin
expire_logs_days               = 14
sync_binlog                    = 1
# CACHES AND LIMITS #
tmp_table_size                 = 32M
max_heap_table_size            = 32M
query_cache_type               = 0
query_cache_size               = 0
max_connections                = 500
thread_cache_size              = 50
open_files_limit               = 65535
table_definition_cache         = 1024
table_open_cache               = 2048
# INNODB #
innodb_flush_method            = O_DIRECT
innodb_log_files_in_group      = 2
innodb_log_file_size           = 512M
innodb_flush_log_at_trx_commit = 1
innodb_file_per_table          = 1
innodb_buffer_pool_size        = 54G
# LOGGING #
log_error                      = /var/lib/mysql/mysql-error.log
log_queries_not_using_indexes  = 1
slow_query_log                 = 1
slow_query_log_file            = /var/lib/mysql/mysql-slow.log
Вывод top:
top - 07:16:14 up  5:31,  2 users,  load average: 3.45, 2.69, 2.67
Tasks: 201 total,   1 running, 200 sleeping,   0 stopped,   0 zombie
Cpu(s): 97.2%us,  0.2%sy,  0.0%ni,  2.5%id,  0.0%wa,  0.0%hi,  0.0%si,  0.0%st
Mem:  66008104k total,  9167572k used, 56840532k free,   105064k buffers
Swap: 14334972k total,        0k used, 14334972k free,   780548k cached
  PID USER      PR  NI  VIRT  RES  SHR S %CPU %MEM    TIME+  COMMAND
 3779 mysql     20   0 61.2g 6.8g 6276 S 
1160.2 10.7   1237:23 mysqld
 3915 nginx     20   0 49848 6384  936 S  1.0  0.0   0:05.55 nginx
 4016 apache    20   0  374m  21m 7360 S  0.7  0.0   0:14.40 php-fpm
 4023 apache    20   0  386m  33m 7340 S  0.7  0.1   0:13.63 php-fpm
 3996 apache    20   0  369m  16m 7236 S  0.3  0.0   0:09.78 php-fpm
 4014 apache    20   0  372m  19m 7340 S  0.3  0.0   0:12.66 php-fpm
 4015 apache    20   0  370m  17m 7360 S  0.3  0.0   0:21.56 php-fpm
 4018 apache    20   0  370m  16m 7324 S  0.3  0.0   0:11.61 php-fpm
 4111 apache    20   0  369m  16m 7300 S  0.3  0.0   0:10.51 php-fpm
 6961 apache    20   0  370m  16m 7288 S  0.3  0.0   0:14.30 php-fpm
 7008 apache    20   0  372m  17m 7364 S  0.3  0.0   0:08.75 php-fpm
 7010 apache    20   0  369m  16m 7232 S  0.3  0.0   0:12.13 php-fpm
 8686 apache    20   0  370m  16m 7116 S  0.3  0.0   0:06.81 php-fpm
 8689 apache    20   0  370m  17m 7296 S  0.3  0.0   0:09.65 php-fpm
Вывод mytop:
MySQL on localhost (5.5.30-30.1-log)                                                                                                            up 0+05:32:09 [07:17:36]
 Queries: 2.9M   qps:  154 Slow:  568.8k         Se/In/Up/De(%):    20/00/00/00
             qps now:  168 Slow qps: 31.6  Threads:    4 (   4/  36) 20/00/00/00
 Key Efficiency: 100.0%  Bps in/out:  6.9k/59.7k   Now in/out:  7.4k/42.1k
      Id      User         Host/IP         DB      Time    Cmd Query or State
       --      ----         -------         --      ----    --- ----------
   612306      root       localhost   4xxxx         0  Query show full processlist
   612849  4xxxx       localhost   4xxxx         0  Query SELECT * FROM geolocation WHERE geolocation_domain= 'xxxxxxx.xxx' ORDER BY geolocation_datetime DESC
   612850  4xxxx       localhost   4xxxx         0  Query SELECT `backlinks_google` FROM backlinks WHERE backlinks_domain='nastyvideotube.com' ORDER BY backlinks_
   612851  4xxxx       localhost   4xxxx         0  Query SELECT * FROM alexa WHERE alexa_domain= 'xxxxxxx.xxxx' LIMIT 1
   612846  4xxxx       localhost   4xxxx         1  Query SELECT `backlinks_google` FROM backlinks WHERE backlinks_domain='xxxxxxx.com' ORDER BY backlinks_dat
slow-log включен, вся проблема в то что если взять запрос который по slow-log якобы выполняется 3-4сек и выполнить с консоли мускула то он отрабатывает за 0.5сек, куда копать ?
второй вопрос как просмотреть все запросы что в данный момент в базе SHOW FULL PROCESSLIST - показывает тоже самое что и mytop
query_cache выключен с ним ситуация еще хуже