Форум пользователей MySQL

Убедитесь, что в php.ini указано (можно посмотреть с помощью phpinfo())
mysql.allow_persistent = On

Кроме того, в php.ini есть параметр:
; Maximum number of persistent links.  -1 means no limit.
mysql.max_persistent = -1

Посмотрите настройки MySQL (возможно следует увеличить max_connections)

mysql> show variables like 'max_connections';
+-----------------+-------+
| Variable_name   | Value |
+-----------------+-------+
| max_connections | 100   |
+-----------------+-------+
1 row in set (0.00 sec)

mysql> show status like 'Threa%';
+-------------------+---------+
| Variable_name     | Value   |
+-------------------+---------+
| Threads_cached    | 0       |
| Threads_connected | 8       |
| Threads_created   | 2709008 |
| Threads_running   | 1       |
+-------------------+---------+
4 rows in set (0.00 sec)

mysql> show processlist;
+---------+-------+--------------------+--------+---------+------+-------+------------------+
| Id      | User  | Host               | db     | Command | Time | State | Info             |
+---------+-------+--------------------+--------+---------+------+-------+------------------+
| 2708851 | root  | localhost          | NULL   | Query   |    0 | NULL  | show processlist |
| 2709015 | bplan | 77.91.227.92:56208 | bplan2 | Sleep   |    5 | NULL  | NULL             |
| 2709017 | bplan | 77.91.227.92:56210 | bplan2 | Sleep   |    4 | NULL  | NULL             |
| 2709025 | bplan | 77.91.227.92:56218 | bplan2 | Sleep   |    1 | NULL  | NULL             |
| 2709027 | hr    | 77.91.227.92:56220 | hr2    | Sleep   |    0 | NULL  | NULL             |
+---------+-------+--------------------+--------+---------+------+-------+------------------+
5 rows in set (0.01 sec)

Поставьте mysql.max_persistent=10, чтобы они не забивали другие базы. Все-таки что-то не так со скриптами, раз они не используют persistent правильно.