SQLinfo.ru - Все о MySQL

Форум пользователей MySQL

Задавайте вопросы, мы ответим

Вы не зашли.

#1 22.12.2017 15:24:18

deadka
Администратор
Зарегистрирован: 14.11.2007
Сообщений: 2183

A long semaphore wait - причины, методы починки

Доброго дня, Коллеги!

Ситуация следующая:

Linux api2 4.4.0-87-generic #110-Ubuntu SMP
mysql 5.7.19-0ubuntu0.16.04.1

Есть два ssd-шных винта по 880гб, на каждом по крупной БД (ФС: ext4), на момент начала неприятностей на одном винте было свободно около 20 гб, на втором около 400 гб. Раз в несколько минут в базы идет запись нескольких десятков тысяч записей в разные таблицы и раз в несколько секунд идут небольшие добавления/удаления.

Некоторое время назад началась след. ситуация - обе БД стали тупить на простейших запросах, запросы типа выборки/обновления  одной записи по PK стали зависать, state запросов был sending data.
restart mysql-сервера помогла один раз, потом ситуация возникла снова.

Посмотрел в /var/log/syslog - ничего интересного.

В логах mysql много вот такого

2017-12-15T15:10:15.945492Z 0 [Warning] InnoDB: A long semaphore wait:
--Thread 140292224726784 has waited at btr0sea.ic line 90 for 303.00 seconds the semaphore:
X-lock (wait_ex) on RW-latch at 0x117d8308 created in file btr0sea.cc line 195
a writer (thread id 140292224726784) has reserved it in mode  wait exclusive
number of readers 1, waiters flag 0, lock_word: ffffffffffffffff
Last time read locked in file btr0sea.ic line 128
Last time write locked in file /build/mysql-5.7-ESHnMz/mysql-5.7-5.7.19/storage/innobase/include/btr0sea.ic lin
e 90

Гугл подсказал решение - отключить innodb_adaptive_hash_index

https://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en … -hash.html

You can monitor the use of the adaptive hash index and the contention for its use in the SEMAPHORES section of the output of the SHOW ENGINE INNODB STATUS command. If you see many threads waiting on an RW-latch created in btr0sea.c, then it might be useful to disable adaptive hash indexing.

отключил в конфиге плюс несколько разгрузил винт, на котором оставалось свободно 20 гб - больше такого не было.

Но беспокоит - что делать, если снова такое проявится?

Кто знает или догадывается - поделитесь соображениями пожалуйста:
1) Могло ли такое быть от нехватки места на винте (может быть мало ему 20 гб?)?
2) когда и зачем реально нужны innodb-adaptive-hash?

Подозреваю, что имеет смысл проверить ssd какой-нибудь утилитой?
Какой можно это сделать, не останавливая работу бд? или, если остановить, то не очень надолго.


Зеленый свет для слабаков, долги отдают только трусы, тру гики работают только в консоли...

Неактивен

 

#2 22.12.2017 15:47:25

rgbeast
Администратор
MySQL Authorized Developer and DBA
Откуда: Москва
Зарегистрирован: 21.01.2007
Сообщений: 3822

Re: A long semaphore wait - причины, методы починки

А что показывает smartctl -a на дисках?
Может быть диски поддерживают тестирование через smart,
smartctl -t short /dev/sdA

Неактивен

 

#3 22.12.2017 16:42:42

deadka
Администратор
Зарегистрирован: 14.11.2007
Сообщений: 2183

Re: A long semaphore wait - причины, методы починки

megaraid на той машинке, поддерживает, вот такой выхлоп.

root@machinename /opt/MegaRAID/MegaCli # smartctl -i -d megaraid,6 /dev/sdb1
smartctl 6.5 2016-01-24 r4214 [x86_64-linux-4.4.0-87-generic] (local build)
Copyright (C) 2002-16, Bruce Allen, Christian Franke, www.smartmontools.org

/dev/sdb1 [megaraid_disk_06] [SAT]: Device open changed type from 'megaraid,6' to 'sat+megaraid,6'
=== START OF INFORMATION SECTION ===
Device Model:     SAMSUNG MZ7LM960HCHP-00003
Serial Number:    S1YHNXAG804337
LU WWN Device Id: 5 002538 c4002ec89
Firmware Version: GXT3003Q
User Capacity:    960,197,124,096 bytes [960 GB]
Sector Size:      512 bytes logical/physical
Rotation Rate:    Solid State Device
Device is:        Not in smartctl database [for details use: -P showall]
ATA Version is:   ACS-2, ATA8-ACS T13/1699-D revision 4c
SATA Version is:  SATA 3.1, 6.0 Gb/s (current: 6.0 Gb/s)
Local Time is:    Fri Dec 22 14:38:42 2017 CET
SMART support is: Available - device has SMART capability.
SMART support is: Enabled

После запустил тест

smartctl -t short -d megaraid,6 /dev/sdb1

дождался окончания теста, выхлоп:

root@mahinename /opt/MegaRAID/MegaCli # smartctl -l selftest -d megaraid,6 /dev/sdb1
smartctl 6.5 2016-01-24 r4214 [x86_64-linux-4.4.0-87-generic] (local build)
Copyright (C) 2002-16, Bruce Allen, Christian Franke, www.smartmontools.org

/dev/sdb1 [megaraid_disk_06] [SAT]: Device open changed type from 'megaraid,6' to 'sat+megaraid,6'
=== START OF READ SMART DATA SECTION ===
SMART Self-test log structure revision number 1
Num  Test_Description    Status                  Remaining  LifeTime(hours)  LBA_of_first_error
# 1  Short offline       Completed without error       00%     17473         -
# 2  Short offline       Completed without error       00%      6958         -
# 3  Extended offline    Completed without error       00%      6918         -
# 4  Extended offline    Completed without error       00%      6896         -
# 5  Short offline       Completed without error       00%      6839         -
# 6  Short offline       Completed without error       00%      6815         -
# 7  Short offline       Completed without error       00%      6791         -
# 8  Short offline       Completed without error       00%      6767         -
# 9  Extended offline    Completed without error       00%      6746         -
#10  Short offline       Completed without error       00%      6743         -
#11  Short offline       Completed without error       00%      6719         -
#12  Short offline       Completed without error       00%      6695         -
#13  Short offline       Completed without error       00%      6671         -
#14  Short offline       Completed without error       00%      6647         -
#15  Short offline       Completed without error       00%      6623         -
#16  Short offline       Completed without error       00%      6599         -
#17  Extended offline    Completed without error       00%      6596         -
#18  Short offline       Completed without error       00%      6575         -
#19  Short offline       Completed without error       00%      6551         -
#20  Short offline       Completed without error       00%      6527         -
#21  Extended offline    Completed without error       00%      6519         -


Зеленый свет для слабаков, долги отдают только трусы, тру гики работают только в консоли...

Неактивен

 

#4 22.12.2017 17:10:26

rgbeast
Администратор
MySQL Authorized Developer and DBA
Откуда: Москва
Зарегистрирован: 21.01.2007
Сообщений: 3822

Re: A long semaphore wait - причины, методы починки

Можно еще посмотреть smartctl с ключом -a (тогда будут видны сырые параметры)?

Неактивен

 

#5 22.12.2017 19:21:01

deadka
Администратор
Зарегистрирован: 14.11.2007
Сообщений: 2183

Re: A long semaphore wait - причины, методы починки

Если я правильно понял, то вот так?

smartctl -a -d megaraid,6 /dev/sdb1

smartctl 6.5 2016-01-24 r4214 [x86_64-linux-4.4.0-87-generic] (local build)
Copyright (C) 2002-16, Bruce Allen, Christian Franke, www.smartmontools.org

/dev/sdb1 [megaraid_disk_06] [SAT]: Device open changed type from 'megaraid,6' to 'sat+megaraid,6'
=== START OF INFORMATION SECTION ===
Device Model:     SAMSUNG MZ7LM960HCHP-00003
Serial Number:    S1YHNXAG804337
LU WWN Device Id: 5 002538 c4002ec89
Firmware Version: GXT3003Q
User Capacity:    960,197,124,096 bytes [960 GB]
Sector Size:      512 bytes logical/physical
Rotation Rate:    Solid State Device
Device is:        Not in smartctl database [for details use: -P showall]
ATA Version is:   ACS-2, ATA8-ACS T13/1699-D revision 4c
SATA Version is:  SATA 3.1, 6.0 Gb/s (current: 6.0 Gb/s)
Local Time is:    Fri Dec 22 16:27:02 2017 CET
SMART support is: Available - device has SMART capability.
SMART support is: Enabled

=== START OF READ SMART DATA SECTION ===
SMART Status not supported: ATA return descriptor not supported by controller firmware
SMART overall-health self-assessment test result: PASSED
Warning: This result is based on an Attribute check.

General SMART Values:
Offline data collection status:  (0x02)    Offline data collection activity
                    was completed without error.
                    Auto Offline Data Collection: Disabled.
Self-test execution status:      (   0)    The previous self-test routine completed
                    without error or no self-test has ever
                    been run.
Total time to complete Offline
data collection:         ( 3600) seconds.
Offline data collection
capabilities:              (0x53) SMART execute Offline immediate.
                    Auto Offline data collection on/off support.
                    Suspend Offline collection upon new
                    command.
                    No Offline surface scan supported.
                    Self-test supported.
                    No Conveyance Self-test supported.
                    Selective Self-test supported.
SMART capabilities:            (0x0003)    Saves SMART data before entering
                    power-saving mode.
                    Supports SMART auto save timer.
Error logging capability:        (0x01)    Error logging supported.
                    General Purpose Logging supported.
Short self-test routine
recommended polling time:      (   2) minutes.
Extended self-test routine
recommended polling time:      (  60) minutes.
SCT capabilities:            (0x003d)    SCT Status supported.
                    SCT Error Recovery Control supported.
                    SCT Feature Control supported.
                    SCT Data Table supported.

SMART Attributes Data Structure revision number: 1
Vendor Specific SMART Attributes with Thresholds:
ID# ATTRIBUTE_NAME          FLAG     VALUE WORST THRESH TYPE      UPDATED  WHEN_FAILED RAW_VALUE
  5 Reallocated_Sector_Ct   0x0033   100   100   010    Pre-fail  Always       -       0
  9 Power_On_Hours          0x0032   096   096   000    Old_age   Always       -       17475
12 Power_Cycle_Count       0x0032   099   099   000    Old_age   Always       -       24
177 Wear_Leveling_Count     0x0013   093   093   005    Pre-fail  Always       -       511
179 Used_Rsvd_Blk_Cnt_Tot   0x0013   100   100   010    Pre-fail  Always       -       0
180 Unused_Rsvd_Blk_Cnt_Tot 0x0013   100   100   010    Pre-fail  Always       -       4880
181 Program_Fail_Cnt_Total  0x0032   100   100   010    Old_age   Always       -       0
182 Erase_Fail_Count_Total  0x0032   100   100   010    Old_age   Always       -       0
183 Runtime_Bad_Block       0x0013   100   100   010    Pre-fail  Always       -       0
184 End-to-End_Error        0x0033   100   100   097    Pre-fail  Always       -       0
187 Reported_Uncorrect      0x0032   100   100   000    Old_age   Always       -       0
190 Airflow_Temperature_Cel 0x0032   056   045   000    Old_age   Always       -       44
195 Hardware_ECC_Recovered  0x001a   200   200   000    Old_age   Always       -       0
197 Current_Pending_Sector  0x0032   100   100   000    Old_age   Always       -       0
199 UDMA_CRC_Error_Count    0x003e   100   100   000    Old_age   Always       -       0
202 Unknown_SSD_Attribute   0x0033   100   100   010    Pre-fail  Always       -       0
235 Unknown_Attribute       0x0012   099   099   000    Old_age   Always       -       4
241 Total_LBAs_Written      0x0032   099   099   000    Old_age   Always       -       513139782375
242 Total_LBAs_Read         0x0032   099   099   000    Old_age   Always       -       306809211004
243 Unknown_Attribute       0x0032   100   100   000    Old_age   Always       -       0
244 Unknown_Attribute       0x0032   100   100   000    Old_age   Always       -       0
245 Unknown_Attribute       0x0032   100   100   000    Old_age   Always       -       65535
246 Unknown_Attribute       0x0032   100   100   000    Old_age   Always       -       65535
247 Unknown_Attribute       0x0032   100   100   000    Old_age   Always       -       65535
251 Unknown_Attribute       0x0032   100   100   000    Old_age   Always       -       1089726505216

SMART Error Log Version: 1
No Errors Logged

SMART Self-test log structure revision number 1
Num  Test_Description    Status                  Remaining  LifeTime(hours)  LBA_of_first_error
# 1  Short offline       Completed without error       00%     17474         -
# 2  Short offline       Completed without error       00%     17473         -
# 3  Short offline       Completed without error       00%     17473         -
# 4  Short offline       Completed without error       00%      6958         -
# 5  Extended offline    Completed without error       00%      6918         -
# 6  Extended offline    Completed without error       00%      6896         -
# 7  Short offline       Completed without error       00%      6839         -
# 8  Short offline       Completed without error       00%      6815         -
# 9  Short offline       Completed without error       00%      6791         -
#10  Short offline       Completed without error       00%      6767         -
#11  Extended offline    Completed without error       00%      6746         -
#12  Short offline       Completed without error       00%      6743         -
#13  Short offline       Completed without error       00%      6719         -
#14  Short offline       Completed without error       00%      6695         -
#15  Short offline       Completed without error       00%      6671         -
#16  Short offline       Completed without error       00%      6647         -
#17  Short offline       Completed without error       00%      6623         -
#18  Short offline       Completed without error       00%      6599         -
#19  Extended offline    Completed without error       00%      6596         -
#20  Short offline       Completed without error       00%      6575         -
#21  Short offline       Completed without error       00%      6551         -

SMART Selective self-test log data structure revision number 1
SPAN  MIN_LBA  MAX_LBA  CURRENT_TEST_STATUS
    1        0        0  Not_testing
    2        0        0  Not_testing
    3        0        0  Not_testing
    4        0        0  Not_testing
    5        0        0  Not_testing
  255        0    65535  Read_scanning was completed without error
Selective self-test flags (0x0):
  After scanning selected spans, do NOT read-scan remainder of disk.
If Selective self-test is pending on power-up, resume after 0 minute delay.


Зеленый свет для слабаков, долги отдают только трусы, тру гики работают только в консоли...

Неактивен

 

#6 22.12.2017 19:39:44

paulus
Администратор
MySQL Authorized Developer and DBA
Зарегистрирован: 22.01.2007
Сообщений: 6681

Re: A long semaphore wait - причины, методы починки

А какие ресурсы при этом задействованы смотрел? Если диски, то дело не в хэше, конечно.

Первое, что приходит в голову, — очистка данных в ssd. Они плохо работают, когда нужно переиспользовать блоки. Таким дискам правильно делать монтирование с discard или периодически запускать fstrim, что может значительно увеличить производительность диска, особенно в случае, когда место заканчивается.

Неактивен

 

#7 22.12.2017 19:45:29

deadka
Администратор
Зарегистрирован: 14.11.2007
Сообщений: 2183

Re: A long semaphore wait - причины, методы починки

Уточни вопрос про ресурсы, пожалуйста, не вполне понял :-(.
А приведенная мной сводка smartctl не свидетельствует о том, что с диском норм?
Про discard/fstrim понял, буду читать.
Ну и если можно пару слов про adaptive hash index.


Зеленый свет для слабаков, долги отдают только трусы, тру гики работают только в консоли...

Неактивен

 

#8 22.12.2017 19:57:07

paulus
Администратор
MySQL Authorized Developer and DBA
Зарегистрирован: 22.01.2007
Сообщений: 6681

Re: A long semaphore wait - причины, методы починки

Когда что-то тормозит, ты куда-то упираешься. Если ты можешь найти то место, в которое упираешься, то тогда ты его можешь и починить. Вот хочется понять, во что ты упираешься.

Берешь какой-нибудь dstat, iostat, top и смотришь, какие ресурсы используются. Например, если диск используется на 100%, то значит, ты упираешься в него. Если процессор — в процессор. Хуже, когда никакие ресурсы не используются на 100%. Как правило, это означает, что у нас есть или какой-то сетевой запрос (и система реально ничего не делает, только ждет), или, например, мы ждем mutex для доступа к ресурсу.

А индекс — это просто кусок памяти, в котором строится hash-индекс (не btree), количество памяти и набор данных определяется эвристикой внутри MySQL. И его выключение убирает условный contention на доступе к этому индексу, что будет бесполезно в случае, когда узкое место другое.


И увидел, что у тебя железный raid, для него, скорее всего, trim прокидываться не будет. Тогда хорошая практика сделать trim всего диска (чтобы там не было данных), а потом отрезать от него 10-20% места, которое ты не будешь использовать, но которое будет использоваться самим диском как источник пустых блоков. В твоем случае, кажется, не очень реалистичный вариант. И, разумеется, всё то, что я говорю, будет иметь смысл только в том случае, когда ты действительно упираешься в диск.

Неактивен

 

#9 28.01.2018 17:08:56

deadka
Администратор
Зарегистрирован: 14.11.2007
Сообщений: 2183

Re: A long semaphore wait - причины, методы починки

Еще на одном сервере та же ситуация возникла. Как осталось места mysql'ю окрест 10 гигов, так началась та же пляска. Разрулил проблему с местом - полегчало. Так что эвристически да, можно утверждать, что проблема в диске, точнее в отсутствии места ).


Зеленый свет для слабаков, долги отдают только трусы, тру гики работают только в консоли...

Неактивен

 

Board footer

Работает на PunBB
© Copyright 2002–2008 Rickard Andersson